第三審屬「法律審」，最高法院依第二審判決所認定的事實，審酌第二審判決有否違法，因此，上訴第三審的理由須具體指出二審判決有適用法律錯誤或不適用法律等的違法，如：有應調查證據未予調查，或判決不載理由或所載理由矛盾等。上訴理由應於提出上訴聲明後十日內提出，當然在最高法院判決前可繼續補充上訴理由。

第三審原則上採行書面審理，例外情形才會開庭，由於最高法院僅審酌法律適用有無違法，宜委請專業律師辦理。最高法院如果發現二審判決確有未調查證據的情形，會撤銷二審判決並發回法院重新審理。因第三審採「限量分案」，一般而言，從上訴三審至判決結果常需時二、三年。

經最高法院判決的案件即告確定。不過，刑事訴訟法設有二種例外救濟制度，即「非常上訴」及「再審」。「非常上訴」是指當判決確定後發現判決有違背法律的情形，檢察總長可以向最高法院提起，被告雖無權直接提起，但法律未禁止被告可促請檢察總長提起。「再審」是對確定判決如有事實認定錯誤，如：事後發現判決依據的證據是偽造等，被告可提起。

原則上，如果被告判決有罪確定後，由判決法院的檢察官執行被告有罪的處罰，被告會收到檢察官通知執行的命令。但是，無論「再審」或「非常上訴」均無停止檢察官的執行，除非檢察官另以命令停止之。當然如果被告嗣後經上述救濟程序獲得「平反」時，被告可依「冤獄賠償法」，向國家請求冤獄賠償。