有近4億人口，分散於東南亞及太平洋諸島的南島語族起源向來眾說紛紜。主持中央研究院「南科考古計畫」的院士臧振華及李匡悌探索20年，發掘出南台灣最大的考古遺址、「台灣第一米」、「第一狗」及百萬件文物，也間接否定南島語族源自東南亞的推論。研究於2015年12月在「世界考古論壇‧上海」中獲得「田野考古發現獎」。

聯合報導，該論壇在上海舉辦，來自世界的93項考古計畫提名，我與中國各獲1項田野考古發現獎，其他得獎國家包括英、美、義、法、俄等。臧振華指出，此次得獎深具意義，證明台灣雖是小島，考古成果也能受到世界關注。

1995年，國科會準備開發台南科學園區時，意外發現地層中有古代人類遺骸與遺物。國科會找來臧振華進行考古評估，決定採兼顧文資保護與工程開發的模式──即南科施工時請考古專家全面監看，若挖到遺址便要變更設計、避開遺址。

蘋果報導，南科考古計畫於1996年12月啟動，在南科及其周邊地區將近3000公頃的土地上，前後進行了5個階段的搶救工作，總計發現了58處考古遺址，並在其中34處進行了大規模的發掘，發掘總面積達12 萬多平方公尺。出土的考古遺物與遺跡，數量龐大、類別繁多。

在遺物方面，包括陶器、石器、玉器、骨角器、鐵器、銅器及玻璃器等文化遺物，以及植物種子和動物骨骸等生態遺物，總數達到數百萬件。遺跡方面，主要包括墓葬、建築遺存、溝渠和灰坑等，其中墓葬數目高達2000具以上。時間橫跨距今3百至近5千年前，涵蓋6個時期的文化。

中時報導，臧振華也指出，有近4億人口的南島與民族，過去起源眾說紛紜，一說源自東南亞，一說源自中國東南海域。而南科遺址出土文物，與6000多年前福建以南、海南島以北的新石器時代遺址有許多相同文化脈絡，例如都住在沙丘上、屋型為高腳屋，陶器、石器風格也類似。

聯合報導，南科考古也發現上萬顆的小米，臧振華指出，這些被火燒過的小米，已經碳化才能保存至今，這次使用浮選法先把泥土浸泡水中，讓植物性材料浮上水面，再經曬乾後整理；這也是台灣最早發現小米的地點，證實當時已經會烹飪、並把小米當成日常生活使用，才會在垃圾堆裡用火燒掉。

中央社報導，臧振華表示，南科考古支持了南島語族源自中國沿海，有更強的證據，應可否定源自更南邊馬來西亞等地的說法。

不過，過去學界「出台灣說」，主要認為南島語族都是透過台灣當跳板，再往南傳到菲律賓、印尼等地。臧振華卻主張「源頭是單點，多路線傳播」，從中國沿海開始，南島語族有一批先到台灣，也可能有一批沿陸路南下到越南再跨海，呈現多路線傳播。

臧也透露，台灣原住民泰雅族與南科考古遺址發現的人種相似，但缺乏進一步證據。去年底中研院已把顳骨（耳朵旁的骨頭）送往國外做DNA鑑定，預計半年後會有結果，可望解開台灣原住民起源的謎團。