本校為一所位於南台灣科學園區內的完全中學，其創校的目的在於提供科學園區員工子女優質的教育環境，並為南科與地方發展奠定教育基礎。南科國中自 86 年籌設，由黃光明博士擔任籌備處主任，歷經郭達永先生與方崑合先生擔任校長；南科國小自 87 年籌設，由呂昌道先生擔任籌備主任及校長。民國 95 年改制為國立南科國際實驗高級中學，由戴旭璋博士擔任首任校長，現任校長為蔡明輝先生。目前學校包括高中部 12 班、國中部 24 班、國小部 48 班、雙語部 12 班，合計全校學生 2588 人，教職員工 237 人，為國內鮮有的四部一體的體制，課程強調 12 年一貫的延續性，結合園區與社會資源，採用創新的教學模式，發展成為以科學教育為重點，人文情懷為根基，是一所具前瞻性且國際化的標竿學校。

校園腹地寬廣占地 10.2 公頃；校園建築設計新穎，處處展現對環境保護及生態之重視。繼國中部校舍獲頒「綠建築」標章後，於 2010 年完工的高中部校舍，更榮耀 2 座「鑽石級綠建築標章」之殊榮，成為全國第一所榮獲此項標章的學校，提供師生一個節能減碳、綠意盎然、生態豐富的學習環境。各項建築設計符合教育理念，國小部教室以「品」字型圍成共同學期區高中部及雙語部採用專科教室跑班方式，讓教師充分發揮學科教室的功能，提升學習效果。

全校設置兩座圖書館，逐年豐富館藏，並朝「數位圖書館」之目標邁進，成為學校媒體資訊中心與新教學型態的核心。設立遠見國際會議廳、資訊科技實驗室、創意工廠等空間，提供學生各項活動、會議、科學研究之場所。寬廣的運動場、多功能體育館、網球場等設施，提供學生寬敞舒適的運動空間。舒適的學生宿舍更提供遠地學生便利的起居環境。校園公共藝術「迎向未來」及「巨人花粉」，分別由知名藝術家賴純純及曾英棟創作，趣味的造型意涵深遠，融入本校設校精神，亦為校園增添濃厚的藝術氣息。

本校前身為臺南縣立南科國民中學與南科國民小學，於民國 95 年 8 月 1 日改制成為「國立南科國際實驗高級中學」，整併原南科國中、國小，分別設立國小部和國中部；原雙語班擴大為涵蓋國小至高中教育階段的雙語部。 97 學年起設立高中部，南科實中成為四部共榮的實驗學校，開展新的教育藍圖。

民國86年至94年

*86年6月台南縣政府為服務台南科學工業園區廠商員工子弟就學需求，籌設「南科國民中學」，派任黃光明博士擔任籌備處主任。
*87年3月，台南縣政府核派呂昌道校長兼任南科國小籌備處主任，辦理設校事宜。
*89年元月18日，南科國小舉行動土典禮。
*90年8月南科國民小學正式設立招生，呂昌道先生奉派擔任首任校長。
*91年4月從新市國小遷入南科國小校區上課。
*90年8月縣府正式核定成立「臺南縣立南科國民中學」，派郭達永先生接續籌備。
*91年2月22日舉行校舍動土典禮，8月開始招生，郭達永先生奉派擔任首任校長。
*92年元月從南科國小遷入國中新校舍。
*92年8月，方崑合先生奉派擔任第二任校長，奉准招收雙語班學生。
*93年6月南科國小第一屆1班學生畢業。
*94年6月南科國中第一屆4班學生畢業。

民國95年

*4月國立南科國際實驗高級中學籌備處成立，教育部中部辦公室派專門委員王春成先生暫代籌備主任。
*6月26日教育部正式核定「國立南科國際實驗高級中學」設校。
*8月1日正式改制設校，設立國小部、國中部和雙語部。教育部佈達首任校長，戴旭璋博士接篆掌理校務。
*8月22日，舉行改制成立揭牌典禮，揭櫫「國際、科技、創意」三大發展方向。
*12月23日舉行改制第一屆校慶暨國中第三期校舍落成剪綵典禮，國中校舍至此全部完成。

民國96年

*5月國中部學生榮獲台南縣96年中小學科學展覽生物組優等；國小部榮獲應用科學組特優。

民國97年

*6月國小部完成全部校舍工程，更增寬廣舒適的教學空間。
*8月，高中部成立，第一屆招收3班學生，暫用國中部教室上課。
*9月4日舉行高中部第一期校舍工程動土典禮。

民國98年

*5月18日高中第二期工程開工興建。
*6月，雙語部高中段第一屆學生畢業，分別進入美國密西根大學和德州大學就讀。
*12月，高中第一期校舍工程竣工。國小部管樂團參加台南縣音樂比賽，榮獲管樂合奏冠軍。

民國99年

*7月高中部校舍第二期工程完工。8月1日戴旭璋校長榮調臺中女中。
*8月23日高中部第一期工程獲得內政部頒發鑽石級綠建築標章，高中部成為全國第一所鑽石級綠建築學校。
*8月31日林坤燦先生經教育部遴派擔任第二任校長，就職佈達。

民國100年

*2月高中二期工程再獲頒鑽石級綠建築標章。
*3月高中部第一屆學生申請大學繁星推薦，臺、成、清、交、中正大學共5人金榜題名，陳奕伶成為創校以來第一位臺大人！
*6月高中部第一屆3班學生畢業。
*7月高中登記分發最低錄取分數提升為PR 94，辦學績效更受肯定。
*12月獲內政部頒發綠建築優良作品獎。

民國101年

*3月高中第一屆網球績優生獲得美國楊百翰大學及路易士克拉克大學全額獎學金。第二屆高中生繁星推薦錄取台大、成大、清華、中興、中央等大學。
*3月，學生參加國際青少年發明競賽博覽會，榮獲金牌獎。

林坤燦校長延續「國際」、「科技」、「創意」三大創校願景，並結合「品格」及「人文」，推動道德深耕教育計畫及「12年一貫綠色科技明日典範學校」計畫，以發展永續的綠色科技教育作為學校特色課程，以教育下一代的地球公民。

民國102年

*本校於102年度獲教育部全國公私立高中校務評鑑榮獲一等(特優)。

校務評鑑結果，總計在七項領域評鑑中，本校共獲6項(校長領導、行政管理、學務輔導、環境設備、社群互動、績效表現)，最高一等(特優)的佳績，總評鑑為一等(特優)，為全台南區評鑑結果最優之學校，顯示南科實中辦學績效深受教育部肯定，更加奠定南部地區一流優質高中的地位。

民國103年

*1月高中部學生參加2014高瞻計畫全國高中職能源與傳播技術競賽決賽榮獲第一名殊榮。
*2月高中部學生參加2014台灣國際科學展覽會植物學科展，以「揮發性化合物抑制水稻去白化的分子機制」獲得三等獎。
*4月國中部管樂團參加「全國」學生音樂比賽，102、103連續榮二年榮獲，管樂合奏國中團體B組第一名特優，銅管五重奏團體B組第一名優等。
*5月國中部臺南市第54屆公私立國民中小學科學展覽會榮獲佳績，並獲得團體獎第一類第一名。
*6月本校參加102學年度科技部高瞻計畫年度審查暨成果競賽榮獲高中職組特優獎。
*8月高中部學生參加第54屆中小學科學展覽會獲得大會獎高中組生物(生命科學)科第三名！並代表台灣前往日本參加SSH科展。
*9月十二年級林秉儀參加美國大學學測SAT滿分並榮獲美國國家卓越獎學金。
*11月103年台灣基因醫學暨生物標記學會基因廣角鏡徵文比賽，高三3許瀞文榮獲金質獎、鄭柏泰榮獲銀質獎。

民國104年

*2月2015台灣國際科展，高三2詹佳容、楊昕宜榮獲植物學類二等獎 (一等獎從缺)，高三4郭競友榮獲數學類三等獎。
*3月高中部211謝禮仲、212藍國端、213陳品臻，代表學校參加2015日本神奈川KISF科展交流。*管樂團、合唱團榮獲103~104年全國學生音樂特優第一名。
*4月國中部參加103學年度年全國學生創意戲劇比賽手偶劇，榮獲現代類手偶戲組特優。
*4月高中部網球隊311陳又嘉參加104年全國中等學校運動大會榮獲單打銅牌，高男、高女組團體第六名，國中部榮獲團體組第四名。
*5月2015年全國高瞻專題研究競賽，高三2詹佳容榮獲特優獎，高二1謝禮仲、高二2藍國端、高二3陳品臻榮獲金牌獎，高二4黃郁程、高二3謝凱帆、高二4王冠霖榮獲銀牌獎。
*6月高中部111鄭丞佑、113楊雅筑、114林淳翔、吳思翰、歐承泊、許懷恩參加2015智慧鐵人競賽榮獲全國南區第一名。
*8月高中部213林宗葆、江崇頊、郭芷菱高二4康紘睿、李祥誌高二2江崇頊參加22015全國綠能創意風力發電競賽銅牌獎。
*9月高三4傅則瑋參加2015全國TRML數學競賽榮獲銅牌獎。
*10月104年全國中小學客家藝文競賽，701林靖娟 801袁晨瑀獲獎。
*11月國中部(102~104)連續三年、國小部 (101~104) 連續四年榮獲度臺南市音樂比賽『管樂合奏』組特優。

*903班同學臺南市104年中小學拔河錦標賽國中混合組第一名，男子、女子組班隊第二名。

民國105年
*榮獲105年第三屆「教育部藝術教育貢獻獎」、「績優學校獎」殊榮

*雙語部105年榮獲WASC 六年國際認證資格。

*雙語部104學年度應屆畢業生全數錄取美國百大名校。
*高中部王品閑等人參加2016臺灣學校網界博覽會網頁設計榮獲最高榮譽金獎、特別獎，高中組「國際賽金獎」、「地方觀光資源類金獎」以及「邢禹倩老師紀念特別獎」。
*網球隊參加日本國際賽「平成28年度第１７回YONEX盃新潟県高等学校テニスフェスティバル」高男團體網球賽第二名。
*網球隊李柏翰 榮獲China Junior 13 Jiaxing國際青少男網球排名賽男單亞軍。
*104學年全國高級中學數理及資訊學科能力競賽, 鄭硯云榮獲地球科學第六名，胡竣賓、陳平晏、林承毅、胡哲綸、郭競友榮獲各科領堿佳作。
*104學年度全國高級中等學校高瞻專題研究競賽-榮獲二項特優獎、六項金牌獎、一項佳作。
*高中部鄭硯云同學錄取台大醫學系、陽明醫學系、成大醫學系、長庚醫學系等多校公費生。
*高中部廖翊鈞、吳昀蓁榮獲錄取中央研究院生命科學人材培育計畫-，廖翊鈞榮獲清華大學科學研究物理組人材培育計畫。
*105年全國中等學校運動會榮獲高男組網球團體賽第六名，何庭豪個人單打銅牌。
*2016 全國A級波力盃青少年網球排名錦標賽，何庭豪、岳漢融榮獲18歲男子單打冠、亞軍。
*高中部提升高中生國際視野計畫」專題論文競賽-米展群、李嘉芳、吳承曄、高滕峻榮獲優勝
*高中部榮獲台南市第56屆高級中等學校科展-共榮獲二項特優及一項佳作。

*國中部榮獲臺南市第 56 屆公私立國民中小學科展，榮獲團體獎第一類第三名。國中組化學科第三名。生活與應用科學科第三名。

*國中部全國中小學客家藝文競賽南區初賽榮獲客語戲劇類優等，客語口說藝術、歌唱表演類甲等
*網球隊參加105年全國中等學校運動會榮獲國男組網球團體賽第五名，陳觀宇個人單打第六名，吳展毅 、陳科宏男子雙打賽第四名，全國A級波力盃青少年網球排名錦標賽古逸明、陳瑜壕 榮獲14男子雙打亞軍，全國青少年王母盃網球排名錦標賽，湯成、黃榆翔  榮獲14男子雙打冠軍。
*105年臺南市中等學校運動會榮獲國中女子組田徑總錦標。
*國中部105學年度台南市語文競賽決賽楊佳萱作文第三名，其它參賽學生共計五項優勝。
*國小部管樂團101~105連續四年榮獲全國學生音樂比賽南區決賽特優第一名。
*國小部105年度南區客家藝文競賽榮獲客語歌唱表演類特優。
*國小部2015全國機器人划龍舟大賽榮獲少年組造型創意賽冠軍。
*國小部104學年度台南市語文競賽北區決賽：國語字音字形、作文、國語、閩南、 客家語朗讀榮獲各項優勝。
*國小部臺南市104、105年度秋季國小網球錦標賽 榮獲男生組冠軍。
*國小部合唱團榮獲104學年度台南市兒歌童謠音樂比賽特優第一名。
*國小部台南市第56屆科展榮獲生活與應用科學科第三名。

民國106年
 *8月8日秦文智先生經教育部遴派擔任第三任校長，就職佈達。增加本校願景「藝術」為發展方向。

 *3月，榮獲106年高中職校務評鑑總評鑑最高殊榮--優等。

 *3月，全國學生音樂比賽大放異彩，包括國小合唱團、管樂團、國中管樂團、高

中管樂團，都拿下特優第一，一次比賽拿下四個冠軍，紀錄輝煌。

 *4月，國中部網球隊在106年全國中等學校運動會男子雙打項目為南科實中首度奪得金牌。

 *5月，高中升學表現亮眼，林承毅同學錄取成大醫學系榜首。

* 6月，高瞻計劃榮獲高瞻課程組、教師教學組、學生成果組優選獎之外並榮獲科技部高瞻計劃第三期全國特優學校。

 *7月，國小部合唱團獲邀赴維也納參加世界和平音樂節演唱。

 *10月，國小部合唱團獲邀擔任中華民國國慶大典國歌領唱至高榮譽。

民國107年

* 1月，南科實中銜接AI機器人自造者聯盟成立，並與24校完成簽約儀式。

 *3月，全國學生音樂比賽大放異彩，包括國小合唱團、管樂團、國中管樂團、高中管樂團，再度拿下全國特優，紀錄輝煌。

* 3月，全國學生音樂比賽高、國中部銅管五重奏雙雙榮獲特優，國中部木管五重奏榮獲優等。

 *4月， 網球隊參加107年全國中等學校運動會榮獲國男團體賽金牌、高男第六名。黃榆翔、湯城榮獲國男組雙打金牌二連霸。

 *6月，高中部邱敏捷 議長盃國際青少年網球錦標賽Speaker Cup International Junior Championships，榮獲單打冠軍。

 *6月，國中部葉丞峰參加107年加拿大蒙特婁2018 RoboCup Junior世界盃機器人大賽，「救援機器人大賽高級救援組」，榮獲冠軍。

 *7月，107科技部高瞻計畫「科技山手線」成果發表榮獲高中職課程組優等獎，高中教師教學組榮獲特優。

* 9月，2018第五屆新加坡國際合唱節新加坡國際合唱節比賽，國小部合唱團榮獲同聲合唱 金獎、民謠合唱 銀獎。

* 10月，101~106連續六年榮獲「全國」學生音樂比賽管樂合奏團體B組特優第一。國小部105~107年臺南市音樂比賽『同聲合唱』特優、106-107年「全國」學生音樂比賽『同聲合唱』特優第一、105~107年臺南市音樂比賽『直笛合奏』優等。

 *11月，國中部學生107年日本RoboRAVE 國際機器人賽，各組表現優異，榮獲創意賽 第三名，  騎士賽 第三、第四名，迷宮賽 第五、第六名。

 *12月，紐約大學阿布達比分校海外招生 全台僅錄取8位，南科實中雙語部葉艾倪（左）及林子媺 2 位榮獲入學資格。

 *12月，國中部參加台南市107學年度SCRATCH競賽成績優異洪子淨、陳樂宇榮獲動畫組第一名。

民國108年

*1 月 國立南科國際實驗高級中學國中部及國小部增班計畫經教育部同意。 108 學年度起國小部及國中部增設 1 年級及 7 年級各 1 班，逐年各增設 1 班，國中部至 110 學年度每年級 8 班，合計 24 班；國小部至 113 學年度每年級 8 班，合計 48 班。

*1月，108年台南市中等學校運動會國女榮獲田徑總錦標第三名，國男榮獲田徑總錦標第五名；高男網球團體金牌，國男網球團體銅牌。

4月 高中部機器人團隊 6998 參加 2023 年 FIRST 世界機器人休士頓錦標賽 ，榮獲工業設計獎 Industrial Design Adward.

7月 高中部 214 鄭育伶同學榮獲 2023 年哈佛書卷獎。

7 月 管樂團赴日教育旅行，並與千葉県習志野第一中學進行音樂交流。

9月 國小部榮獲教育部「5G 新科技學習示範學校計畫」殊榮。

10月 中學部網球隊參加 112 年 Victor.ly 盃全國青少年網球錦標賽(A-4)-員林榮獲12歲組男單亞軍、男雙亞軍， 16 歲組男單冠軍， 16 歲組女雙冠軍。

10 月 南科實中6998與義大高中9126締結盟約，並由兩校校長簽署專業合作發展協定備忘錄。

12月 高中部 314 蔡明軒、 114 蔡昕宸、 114 周竑亦、 114 林姿秀同學參加「2023 第一屆全國科學量測競賽」榮獲全國決賽第一名。

12月  國小部跑道及籃球場翻修，新操場啟用。

12 月 日本上野高校 12 位師生蒞臨本校與高中學生進行「台日科學論壇」。

12 月 國小部與韓國首爾 Wonchon Elementary school 進行視訊交流。

12 月 管樂團台日交流音樂會，邀請前日本陸上自衛隊中央音樂隊隊長武田晃擔任客席指揮，與空軍軍樂隊於衛武營音樂廳聯合演出。