公民投票的通過門檻必須同時符合以下兩條件：

1. 參與投票人數達投票權人總數1/2以上，即投票率達50%以上。
2. 有效投票數超過1/2同意者。

反之，以上任一條件不符合者均為否決。

此種否決條件在實質上讓反對者很容易操控結果，因為不投票的反對效益比投反對票高、反對者只要想辦法讓選民不投公投票就可以達成目的。

第一、二案

全國性公民投票第一案，簡稱為「強化國防」，由總統陳水扁依《公民投票法》的「防禦性公投」條款提出，於2004年3月20日與第十一任總統副總統選舉同日同時舉行。此案遭到否決。

全國性公民投票第二案，簡稱為「對等談判」，由總統陳水扁依「防禦性公投」提出，於2004年3月20日與第十一任總統副總統選舉同日同時舉行。此案遭到否決。

全國性公民投票第三案，簡稱為「討黨產」，由前民進黨主席游錫堃領銜提出，於2008年1月12日與第7屆立法委員選舉同日同時舉行。此案遭到否決。

全國性公民投票第四案，簡稱為「反貪腐」，由前財政部部長王建煊領銜提出，於2008年1月12日與第7屆立法委員選舉同日同時舉行。此案遭到否決。

此兩項公投與2008年中華民國立法委員選舉同日舉行，但因第3案的領票率26.34%與第4案的領票率26.08%皆未達全國投票權人總數二分之一的法定門檻，因此二案的投票結果均為無效。

全國性公民投票第五案，簡稱為「台灣入聯合國」，由前民進黨主席游錫堃領銜提出，於2008年3月22日與第十二任總統副總統選舉同日同時舉行。此案遭到否決。

全國性公民投票第六案，簡稱為「務實返聯公投」，由第十二任副總統參選人蕭萬長領銜提出，於2008年3月22日與第十二任總統副總統選舉同日同時舉行。此案遭到否決。

以上兩項公投與2008年中華民國第十二任總統副總統選舉同日舉行，但也因第5案的領票率35.82%與第6案的領票率35.74%皆未達全國投票權人總數二分之一的法定門檻，使得二案的投票結果均為無效。

限制連記投票法:

(1)應選名額在三名以上，每一選舉人按照應選名額連記一部分，不選出足額人數以示限制，其連記額數以【 應選出人數過半 】為原則。例如：應選名額九名，每一選舉人可以圈選五名，不得超過限制之額數。

 (2)但《人民團體選舉罷免辦法》則規定，以集會方式的選舉，其限制連記額數為應選出名額之二分之一以內。例如：應選名額九名，每一選舉人可以圈選四名，不得超過限制之額數。

名詞:

1.比例投票制
2.小選區連記投票制
3.大選區連記投票制
4.大選區單記投票制

1.比例投票制

　　指選民在投票時，不投票給特定的候選人，而是投給特定的政黨（或團體），而參選的政黨（或團體）在選舉前，就會列出所有候選人的名單及順序，再依每個政黨（或團體）得票的比例來分配席次。

　　例如：台灣今年年初立法委員選舉中的不分區立委，即是以此方式選出。

2.小選區連記投票制

　　理論上，沒有這種選舉制度。所謂「小選區」，是指每一個選區只選出一名代表，由最高票者當選；而所謂「連記」，是指可以投給二位以上的候選人。

　　同上述，既然是只選出一名，沒理由可以讓選民投票給兩位以上的候選人，因此，不可能有此選舉制度。

3.大選區連記投票制

　　指一個選區可選出兩名以上的民意代表，選民在投票時，可以同時投給兩位以上的候選人，選舉結果，由最高得票的幾位當選。

　　舉例來說，該選區可選出三名國會議員，有十個候選人參選，選民在投票時，可以投給其中的兩名議員，簡單的說，每個人有兩票可以投，最後的結果，由得票最高的前三名當選。

4.大選區單記投票制

　　是指一個選區可以選出兩名以上的民意代表，但選民在投票時，只能選擇其中的一位，一人只有一票，最後，則由最高票的幾位候選人當選。

　　例如：台灣在2004年以前的立法委員選舉，以及目前仍在實施的縣市議員選舉，都是這種方式。